НЕФКО осуществляет управление ресурсами целого ряда фондов, используя их для разных целей. Краткая характеристика основных фондов представлена ниже.
Объем капитала Инвестиционного Фонда НЕФКО составляет 114,3 миллионов Евро. Фонд предоставляет займы и средства на участие в акционерном капитале. В некоторых случаях предоставляются также субординированные займы и займы по линии кредитования «соответственно собственному капиталу». НЕФКО предоставляет как среднесрочные, так и долгосрочные займы на условиях, существующих на рынке банковских услуг.
Через средства этого фонда, который был учрежден министрами по вопросам охраны окружающей среды стран Северной Европы в 1995 году, НЕФКО использует все возможности для поддержки реализации проектов, которые при иных условиях не могут быть выполнены или могут быть реализованы гораздо позже, в будущем. При реализации таких проектов местное софинансирование является обязательным требованием. Фонд осуществляет финансовую поддержку путем предоставления грантов на закупку товаров и услуг (денежные субсидии) или сокращая объем издержек заемщика по обслуживанию долга. Максимальный объем средств гранта составляет одну треть от общей стоимости проекта. Инвестиционные возможности фонда составляют приблизительно 300 миллионов DKK (датских крон).
НЕФКО наделена специальными полномочиями, позволяющими ей работать над решением экологических проблем и реализацией сопутствующих проектов в Арктике. Одним из важнейших финансовых инструментов, обеспечивающих эту деятельность является Фонд Горячих точек Баренцева региона (БФГТ); НЕФКО управляет Фондом в соответствии с полномочиями, предоставленными ей правительствами Финляндии, Исландии, Норвегии и Швеции.
Углеродный Фонд региона Балтийского моря (TGF) осуществляет поддержку проектов прежде всего через покупку кредитов сокращения выбросов. Углеродный Фонд был основан в конце декабря 2003 года правительствами Дании, Финляндии, Исландии, Норвегии и Швеции с объемом совокупного капитала в € 10 миллионов. В 2004 году Германия вложила еще € 5 миллионов. Углеродный Фонд инвестирует в проекты, имеющие потенциал продажи/поставки экономически эффективных единиц сокращения выбросов ERU и AAU на счета инвесторов. Более подробную информацию можно найти здесь.
В марте 2005 года Арктический Совет учредил Инструмент Поддержки Проектов (ИПП); это была финансовая инициатива, нацеленная на организацию мероприятий по предотвращению загрязнения Арктики. Руководителем Фонда была назначена НЕФКО. ИПП – это механизм обеспечения финансирования особо приоритетных проектов, исполнение которых было одобрено Арктическим Советом. Есть намерение привлечь заинтересованные страны-члены Арктического Совета, наблюдателей и иные структуры с тем, чтобы обеспечить их вклад в Фонд поддержки проектов Арктического Совета.
НЕФКО от имени ряда финансовых доноров осуществляет управление несколькими целевыми (трастовыми) фондами, назначение которых заключается в оказании целевой поддержки определенным проектам. К числу доноров целевых фондов по поддержке проектов относятся Скандинавские страны, правительство Германии, Совет Министров Северных стран, ФАРЕ ЕС (Программа содействия интеграции), Шведское энергетическое агентство и Хельсинская Комиссия (ХЕЛКОМ). В управление НЕФКО были переданы средства фонда на общую сумму 83,3 миллиона Евро; средства завершенных фондов (проекты выполнены и счета закрыты) составляют 23,4 миллиона Евро.