

НЕФКО управляет ресурсами различных фондов, решающих широкий круг проблем. Краткое описание наиболее важных фондов представлено ниже.
Инвестиционный фонд НЕФКО располагает 113.4 млн. евро. В соответствии с текущими рыночными условиями предоставляются как среднесрочные, так и долгосрочные займы, средства для участия в акционерном капитале. Также могут использоваться субординированные займы и различные формы акционирования.
Средства этого фонда, учреждённого министрами экологии стран Северной Европы в 1995 г., позволяют НЕФКО поддерживать проекты, выполнение которых задерживается или затруднено. Обязательным требованием при этом является собственное участие заявителя в финансировании.
Фонд предоставляет гранты (денежные субсидии) для закупки товаров и услуг или сокращения издержек заёмщика по обслуживанию долга. Максимальный объём предоставляемых средств составляет одну треть от общей стоимости проекта. В распоряжении фонда имеется примерно 60 млн. евро.
НЕФКО имеет особые полномочия для решения экологических проблем и выполнения проектов в Арктике. Одним из важнейших финансовых инструментов этой деятельности является Фонд горячих точек Баренцева региона. НЕФКО управляет фондом согласно решению правительств Исландии, Норвегии, Финляндии и Швеции.
Доверительный фонд Плана действий по Балтийскому морю управляется совместно НЕФКО и Северным инвестиционным банком (СИБ). Фонд предоставляет гранты по проектам технической помощи, связанным с выполнением принятой ХЕЛКОМ программы, целью которой является восстановление экологического равновесия Балтийского моря.
Средства предоставляются проектам, способствующим борьбе с изменением климата и нищетой в беднейших странах мира. Программа финансируется Северным фондом развития и выполняется совместно с НЕФКО.
Региональный Углеродный фонд TGF осуществляет поддержку проектов прежде всего посредством приобретения единиц сокращения выбросов. Основан в конце декабря 2003 года правительствами Дании, Исландии, Норвегии, Финляндии и Швеции.
Углеродный фонд НЕФКО (NeCF) представляет собой международный углеродный фонд, созданный на принципах государственно-частного партнёрства. Начал работу в апреле 2008 года. Этот управляемый НЕФКО трастовый фонд служит инструментом закупок единиц сокращений выбросов парниковых газов в рамках механизмов совместного осуществления (СО) и чистого развития (МЧР).
В марте 2005 года Арктический совет учредил Инструмент поддержки проектов (ИПП). Эта инициатива связана с организацией мероприятий по предотвращению загрязнения Арктики. Управление фондом было поручено НЕФКО.
ИПП обеспечивает финансирование приоритетных проектов, одобренных Арктическим советом. Таким образом обеспечивается привлечение финансовых средств заинтересованных стран - членов и наблюдателей Арктического совета, других партнёров.
НЕФКО от имени ряда финансовых доноров осуществляет управление несколькими доверительными фондами целевой поддержки проектов. К числу таких доноров относятся скандинавские страны, правительство Голландии, Совет Министров Северных стран, программа ФАРЕ содействия интеграции новых стран-членов ЕС, Шведское энергетическое агентство и Хельсинкская Комиссия (ХЕЛКОМ). В управление НЕФКО переданы средства фонда на общую сумму 83.3 млн. евро. Освоенные средства фондов (то есть, проекты выполнены и финансовые счета закрыты) составляют 23.4 млн. евро.