НЕФКО наделена специальными полномочиями в решении экологических проблем и реализации проектов в Арктике и регионе Баренцева моря. Одним из важнейших финансовых инструментов этой деятельности является Фонд экологических горячих точек Баренцева региона (ФЭГТ). НЕФКО управляет фондом в соответствии с решением правительств Исландии, Норвегии, Финляндии и Швеции, содействуя выполнению проектов в «горячих точках» российского сектора Баренцева региона, определённых отчётом НЕФКО, подготовленным в 2003 г. в рамках Программы Арктического мониторинга и оценки (ПАМО).
Обоснованные мероприятия служат основой подготовки реалистичных проектов для 42-х экологических «горячих точек», определённых отчётом НЕФКО/ПАМО или других схожих программ в российском секторе Баренцева региона. Примерно пятьдесят проектов и специальных мероприятий уже приняты для финансирования ФЭГТ (это без учёта работ по радиационной безопасности).
Основная задача фонда - предоставление грантов для оказания технической помощи. Обычно это разработка предпроектной документации, технико-экономического обоснований, бизнес-планов, финансовых планов, а также выполнение оценки воздействия на окружающую среду. Средства фонда, как правило, не предоставляются для непосредственной реализации проектов, но в отдельных случаях ограниченное финансирование выделяется и для выполнения конкретных мероприятий.
В распоряжении фонда имеется примерно 4 млн. евро.