НЕФКО создана в 1990 году странами Северной Европы как международная финансовая организация. Уже с этого времени, развивая сотрудничество как с частными, так и с государственными инвесторами, НЕФКО видела свою миссию в продвижении экономически выгодных способов снижения существующей нагрузки на окружающую среду, что было вызвано загрязнением регионов, сопредельных с Северными странами.
Для достижения аналогичных природоохранных результатов на своей территории странам Северной Европы потребовалось бы, по ориентировочным подсчётам, затратить в 7 - 8 раз больше средств.
Успех деятельности НЕФКО зиждется на принципах тесного сотрудничества с ведущими партнёрами, использования двусторонних, многосторонних и локальных финансовых институтов. НЕФКО активно работает с компетентными частными местными компаниями с эффективным менеджментом, обеспечивая выбор надёжных партнёров как для конктретных проектов, так и для взаимодействия во всём Северном регионе.
С 1990 года опыт, накопленный этой организацией, позволил ей придти к глубокому осмыслению и пониманию финансовых, юридических и деловых процессов, происходящих в странах деятельности НЕФКО. Это обеспечило признание и многочисленные деловые связи НЕФКО на локальном и региональном уровнях, в правительствах стран - участниц. Вклад НЕФКО в инвестирование и реализацию проекта не ограничивается только лишь финансовыми отношениями и предоставлением опыта и знаний в области охраны окружающей среды.
НЕФКО в настоящее время активно работает в России, на Украине, в Латвии, Литве и Эстонии, также возможно её участие в белорусских проектах.
НЕФКО всегда ставила своей целью поддержку природоохранных проектов в странах региона. Ключевыми условиями достижения этой цели являются: 1) непосредственное присутствие и знание местных особенностей; 2) опыт и знания в области природоохранных, финансовых и юридических вопросов; 3) владение финансовыми инструментами, наиболее подходящими для реализации проектов, направленных на охрану окружающей природной среды.