НЕФКО в своей природоохранной деятельности следует принципам первоочередности мероприятий, направленных на смягчение воздействия на окружающую среду выбросов и сбросов опасных веществ; на решение проблем, которые определены на уровне международных конвенций и соглашений. Широкая компетенция НЕФКО в области охраны окружающей среды делает её инициатором проектов, напрямую связанных со стойкими органическими загрязнителями, такими как полихлорированные бифенилы (ПХБ), диоксины, ПАУ (полиароматические углеводороды), с тяжёлыми металлами, такими как ртуть, свинец, кадмий и их соединений в виде пыли, растворов, взвесей, эвтрофикацией (сбросами N, P), летучими органическими соединениями (ЛОС); а также проектами кислотного загрязнения, вызываемого SOx, NOx, HF и т.д., выбросами озоноразрушающих веществ (ОРВ), способствующих также глобальному потеплению и представляющих угрозу окружающей среде в целом.
Эти проекты относятся к широкому спектру промышленного производства, лесоводству, сельскому хозяйству, пищевой промышленности, животноводству, рыболовству, а также транспорту, производству и потреблению энергии, управлению бытовыми отходами, вопросам ресурсосбережения и энергоэффективности. Предпочтение отдаётся небольшим и средним предприятиям, но в случае целесообразности получают поддержку и крупные предприятия.
Мероприятия по ограничению и контролю выбросов и сбросов загрязняющих веществ, ресурсо- и энергосбережению основываются на применении наиболее прогрессивных методик и действующих норм и правил. Используются нормы принимающей страны, Европейского Союза, Европейские экологические принципы (ЕЭП) Европейских межгосударственных финансовых институтов, а также нормы и правила стран Северной Европы или другие, установленные международными соглашениями.
Уничтожение и переработка старых запасов пестицидов остаётся серьезной экологической проблемой стран Центральной и Восточной Европы. Помимо прямой угрозы здоровью населения и фауны, неиспользованные пестициды загрязняют почву и грунтовые воды.
Хотя сегодня в Литве разрабатывается система уничтожения устаревших пестицидов, на хранилищах ещё остается до 2 тыс. тонн этих опасных запасов, причём на ряде объектов условия хранения не отвечают установленным стандартам. В результате экзотермических реакций выделяется тепло, вызывая возгорания пестицидов и пожары на объектах хранения. Происходит загрязнение прилегающих почв и водоёмов.
Уже предпринят ряд мер для решения проблемы. Так, с начала 2008 г. выполняется проект «Переработка опасных отходов в Литве: Переработка пестицидов, очистка загрязнённых площадей, почв и хранилищ». Основная цель проекта – удаление пестицидов и загрязненной почвы с хранилищ, уничтоженных пожарами, а также очистка остающихся объектов хранения удобрений.
DGE Baltic Soil, литовская экологическая компания, в которой треть акций принадлежит НЕФКО, выполнила исследования загрязнения почвы и грунтовых вод на объектах хранения пестицидов, а также в сгоревших хранилищах. С начала выполнения проекта компанией произведены анализы загрязнения в 12 сгоревших хранилищах и на 30 объектах хранения устаревших удобрений.
В ходе исследований выполнено бурение скважин для отбора образцов почвы и грунтовых вод с разных горизонтов с последующей оценкой концентрации пестицидов и степени загрязнения почвы. К концу проекта будет произведено безопасное уничтожение пестицидов, удаление загрязнённой почвы и очистка хранилищ и складов. Данные экологические мероприятия должны привести к существенному сокращению в Литве загрязнения воды и почвы пестицидами.